学校实行依法办学、制度办学，并制定学校管理章程，依法自主管理，积极推进学校依法治理工作。学校在创建、发展的过程中，从实际出发，不断梳理、完善各项规章制度。学校领导班子统一思想、团结协作，在积极宣传的基础上，组织党员、教职工学习、了解各项制度，从而用制度规范言行，使学习、工作有序、有效。如《嘉定区南苑小学岗位设置方案》《中心组学习制度》《嘉定区南苑小学绩效工资方案》《南苑小学十三五发展规划》《南苑小学中层岗位挂职锻炼培养制度》《嘉定区南苑小学招生工作实施意见》《谈心制度》《家委会制度》《师德规范处罚条例》等。学校重视落实校长负责制，校园内部管理制度完善，全员岗位职责明确。2019年6月25日第五届五次教代会审议通过《上海市嘉定区南苑小学章程（修订稿）》。2019年10月修订《嘉定区南苑小学管理手册》，建立健全学校内部人事、财务、科研、后勤等管理制度。